基金會成立後，正值國家環境研究院推動全國畜牧業廢水處理設備功能檢測。當時單一農戶檢測費用動輒新台幣八萬元，引發畜牧業廣泛關注。經多方協調，並由行政院農委會授命、雜糧發展基金會提供資金支援後，經國家環境研究院認證通過成立本基金會附設水質檢驗中心。

本檢驗室提供以下服務：

1.畜牧與工業廢水檢測

2.民生飲用水檢測

3.其他水質相關分析

致力守護民眾飲水安全與環境品質。

環境部國環檢證字號：第 076 號

本中心擁有專業認證，承接各類水質檢驗案件，年檢驗量超過 10,000 件，服務涵蓋多元產業與單位，亦可與協力廠商配合進行完整水質檢測。

1.水質水量類

2.飲用水類，檢驗中心可水質檢驗之項目均可承接(搭配協力廠商)。

檢測業別: 工業廢水、畜牧業廢水、學校、醫療院所、機關團體、工廠等